Παραδεκτές οι αιτήσεις ακυρώσεως τελικού δικαιούχου κρατικού ενισχύσεων κατά πράξεων του Ενδιάμεσου Φορέα Διαχείρισης ενώπιον του ΣτΕ, ως διαφορές που εμπίπτουν στη δικαιοδοσία του. Οι ιδιωτικοί φορείς που εντάσσονται σε επιχειρησιακό πρόγραμμα δεν αποκτούν την ιδιότητα του υπολόγου, καθώς δεν καθίστανται διαχειριστές των πόρων ασκώντας δημόσια εξουσία. Οι διαφορές που ανακύπτουν από τις πράξεις δημοσιονομικής διόρθωσης δεν υπάγονται στην ειδική δικαιοδοτική αρμοδιότητα του Ελεγκτικού Συνεδρίου κατά άρ. 98 παρ. 1 Σ αλλά στη γενική ακυρωτική αρμοδιότητα του ΣτΕ. Σύμφωνα με τα άρ. 94 παρ. 1 Σ, 95 παρ. 1 Σ και 100 παρ. 1 Σ η κρίση περί δικαιοδοσίας συνιστά κρίση περί συνταγματικών διατάξεων και συνεπώς δεν είναι αρμόδιο επί αυτής το ΑΕΔ.