Στην παρούσα υπόθεση, η κύρια διαφορά αφορά την εφαρμογή της τριετούς ή της πενταετούς παραγραφής στην αξίωση επιστροφής πιστωτικού υπολοίπου φόρου προστιθέμενης αξίας (ΦΠΑ). Συγκεκριμένα, αντικείμενο της διαφοράς είναι εάν η αξίωση για επιστροφή του πιστωτικού υπολοίπου ΦΠΑ, που προκύπτει όταν ο ΦΠΑ των εισροών υπερβαίνει τον ΦΠΑ των εκροών και δεν είναι δυνατόν να μεταφερθεί σε επόμενη φορολογική περίοδο, υπόκειται στην τριετή ή στην πενταετή παραγραφή.
Η κρίσιμη νομική διάταξη που αναφέρεται είναι το άρθρο 32 παρ. 3 του ν. 2859/2000, το οποίο προβλέπει ότι το πιστωτικό υπόλοιπο ΦΠΑ μεταφέρεται στην επόμενη φορολογική περίοδο. Ωστόσο, σύμφωνα με το άρθρο 34 παρ. 1 του ίδιου νόμου, το πιστωτικό υπόλοιπο επιστρέφεται σε περίπτωση που δεν είναι δυνατή η μεταφορά του για έκπτωση σε επόμενη διαχειριστική περίοδο. Σύμφωνα με την κρίση του Δικαστηρίου, στην περίπτωση που το πιστωτικό υπόλοιπο ΦΠΑ είναι αδύνατον να μεταφερθεί σε επόμενη διαχειριστική περίοδο, όπως εν προκειμένω, η αξίωση επιστροφής του πιστωτικού υπολοίπου δεν υπόκειται στην τριετή παραγραφή που ορίζεται στην παρ. 2 του άρθρου 90 του Ν. 2362/1995, αφού δεν αφορά φόρο που καταβλήθηκε αχρεωστήτως, αλλά στη γενική πενταετή παραγραφή της παρ. 1 του άρθρου αυτού. Η κρίση του Διοικητικού Εφετείου κρίθηκε ορθή και η αίτηση αναίρεσης απορρίφθηκε.